Dưới triều đại Pāla, những trung tâm mới được thành lập ở miền Đông Ấn, đặc biệt là Vikramasila và Odantapuri. Những trung tâm này, cùng với Jaggadala và Somarupa là những trung tâm điểm mà từ đó văn hóa Phật giáo lan tỏa ra khắp châu Á trong suốt từ thế kỷ 9 đến thế kỷ 12.

Sức phát triển của bộ môn Tantra tại Ấn Độ thiên về tâm lực xảy ra đồng thời với mối đe doạ hủy diệt ngày một lớn ở biên giới tây bắc Ấn Độ. Ngay từ đầu thế kỷ 8, khi thế lực hùng mạnh của người Ả Rập trải dài từ Morocco đến xứ Sindh (Pakistan) thì tại Ấn Độ, phần lớn những người kế vị đế quốc vinh quang Gupta lại bận rộn với cuộc chiến tranh huynh đệ tương tàn, và nền văn hoá Ấn Độ bắt đầu đi vào thời kỳ suy sụp.

Cho đến khi quân Hồi tiến hành cuộc chiến tranh ở Trung Á thì pháp môn Tantra càng tiếp tục gia tăng ảnh hưởng mạnh mẽ, đặc biệt là ở Oddiyana thuộc khu vực ranh giới đông bắc Ấn Độ. Tại đây, triều đại Phật giáo Pāla đang thời cực thịnh.

Gần 4 thế kỷ trôi qua – kể từ giữa năm 711, khi xứ Sindh bị xâm lược, cho đến thế kỷ 12 – giáo pháp của Đức Phật Thích-ca dần dần suy yếu do ảnh hưởng của chiến tranh và sự hỗn loạn trong xã hội. May thay, trong suốt thời kỳ này, các vị đạo sư Tây Tạng đã kịp thời nắm bắt tinh tuý của các Tantra Phật giáo, và các kinh điển Mật tông chính yếu đều được dịch sang tiếng Tây Tạng, nhờ vậy đã tránh được sự thất truyền khi các đại tu viện và thư viện của Ấn Độ bị đốt phá.

Khi thủ phủ Java trở thành thuộc địa thì đồng thời một đại tu viện được xây dựng ở Borobohur. Mặc dù những thành quả nghệ thuật ở quê nhà bị quân Hồi hủy diệt, nhưng các kinh điển Mật tông của đế quốc Pāla (gồm Bengal, Bihar, Orissa và Assam ) vẫn được bảo tồn.

Các di tích đền đài tu viện do các hoàng đế triều đại Pāla xây dựng đã chứng minh giá trị nghệ thuật tuyệt vời dưới ảnh hưởng của Mật tông. Nền nghệ thuật chịu ảnh hưởng đậm nét của các Tantra đã miêu tả những đặc điểm của nền văn minh Ấn Độ thuộc thời kỳ này. Vào thời ấy, đã có những con người được xem là biểu trưng cho đặc tính, mục đích và lý tưởng của một nền văn hoá; họ là động cơ, là lực lượng điều hướng những năng lực đầy sáng tạo để làm chuyển biến cả một dân tộc và thay đổi nền móng xã hội Ấn Độ; họ là những mẫu mực để mọi người noi theo và là những ngôi sao sáng trên bầu trời huyền thuật của pháp môn Tantra. Những con người ấy được tôn vinh là các vị Tất-đạt (Siddha) hay Đạo sư , cũng được gọi là các vị Thành tựu giả.

Như vậy, trong thực tế thì Mật tông đã phát triển khá hoàn chỉnh tại Ấn Độ trước khi truyền sang Tây Tạng. Và nền tảng giáo lý của Mật tông cũng chính là những phần giáo pháp đã được truyền dạy trong các kinh điển Đại thừa. Điều này giải thích vì sao tất cả các bậc đạo sư của Mật tông luôn có những phong cách rất gần gũi với các vị tăng sĩ Đại thừa, và những mật hạnh của họ tuy có khác nhau nhưng cũng đều xuất phát từ ý nghĩa hoằng hóa độ sinh của Bồ Tát hạnh. Truyền thuyết ghi nhận ít nhất là 84 vị đạo sư Mật tông tại Ấn Độ, được gọi là các vị Chân sư Đại thủ ấn (Mahamudra). Sự nghiệp hoằng hóa của các vị tuy mang đậm những nét huyền thuật nhiệm mầu, nhưng cũng đồng thời tỏa sáng tinh thần vị tha, bất vụ lợi và đức hy sinh cao cả. Một số trong các vị chính là những người đã có công truyền bá Phật giáo sang Tây Tạng.

Sự phát triển của nền văn hóa Tây Tạng nói chung và Phật giáo Tây Tạng nói riêng có những nét đặc biệt mà có lẽ không nước nào khác trên thế giới có được. Vì thế, việc tìm hiểu về những nét đặc thù này có thể sẽ giúp chúng ta dễ dàng hơn đôi chút trong việc tiếp nhận những phần giáo lý độc đáo của Mật tông Tây Tạng.

Chúng ta không biết gì nhiều về những thời điểm sớm hơn, nhưng có một cột mốc quan trọng được ghi lại chính xác trong lịch sử Trung Hoa là vào năm 641, tức năm Trinh Quang thứ 15 đời nhà Đường, vua Đường Thái Tông đã gả công chúa Văn Thành cho vua Tây Tạng, lúc bấy giờ được người Trung Hoa gọi là nước Thổ Phồn. 

Vị công chúa này là một người có học vấn và là một Phật tử thuần thành. Một người vợ khác của vua Tây Tạng là công chúa Ba-lợi-khố-cơ của nước Ni-bạc-nhĩ cũng là một người có học thức. Cả hai người đã đưa ra những lời khuyên giá trị giúp vua Tây Tạng phát triển văn hóa đất nước. Ông đã cử người sang Ấn Độ và Trung Hoa để thỉnh các vị tăng sĩ Phật giáo đến Tây Tạng truyền pháp (khoảng năm 650), đồng thời cũng cử một phái đoàn gồm 18 người do quan đại thần là Đoan-mỹ-tam-bồ-đề (Thon-mi-sandhota) dẫn đầu sang Ấn Độ du học. Khi những người này học xong trở về Tây Tạng, họ đã dựa theo chữ viết tiếng Phạn (Devanāgari) để chế tác ra chữ viết riêng cho Tây Tạng, và ngay sau đó sử dụng loại chữ viết mới này để tiến hành việc phiên dịch kinh điển Phật giáo sang Tạng ngữ. Chính đức vua Tây Tạng cũng nêu gương học tập cách viết loại chữ mới này, và vì thế nó nhanh chóng được phổ cập trong toàn xã hội. 

Sự hình thành một loại chữ viết mới và sử dụng vào việc phiên dịch kinh điển là một quá trình phải mất nhiều thế kỷ ở các quốc gia khác, nhưng lại chỉ diễn ra trong một thời gian ngắn ở Tây Tạng. Đây quả là một điều ít có và dễ làm cho người ta phải kinh ngạc đến độ hoài nghi.[1][7]

 Khoảng hơn nửa thế kỷ sau đó, vào năm 710, tức năm Cảnh Vân thứ nhất đời nhà Đường, vua Đường Duệ Tông lại gả công chúa Kim Thành cho vua Tây Tạng đời thứ 35 là Khí-lệ-súc-tán. Vị công chúa này tiếp tục mang đến Tây Tạng nhiều kinh thư, sách vở của Trung Hoa, và thông qua đó người Tây Tạng đã học hỏi được rất nhiều từ nền văn hóa lớn này.

Năm 787, ngôi chùa đầu tiên của Tây Tạng được xây dựng hoàn thành ở Bsam-yas, có tên là chùa Tang-duyên (Samye),[1][8] nằm về phía đông nam của thủ đô Lhasa. Đây là nơi ngài Tịch Hộ (Śāntarakşita),[1][9] một vị cao tăng Ấn Độ đến hoằng hóa trong suốt 13 năm sau đó, theo lời mời chính thức của vua Tây Tạng là Ngật-lật-sang Đề-tán (Trhisong Detsen). 

Không bao lâu sau khi chùa Tang-duyên được xây dựng hoàn thành, những vị tăng sĩ Tây Tạng đầu tiên được thọ giới với ngài Tịch Hộ. Nhiều ngôi chùa khác tiếp tục được xây dựng ở khắp nơi, nhiều cao tăng được mời từ Ấn Độ sang, chữ viết Tây Tạng được sử dụng để phiên dịch rất nhiều kinh điển. Mặc dù chỉ phát triển trong một thời gian ngắn và xúc tiến với tốc độ khá nhanh, nhưng công việc này đã được thực hiện một cách vô cùng thận trọng và nghiêm túc. Có những nỗ lực rất lớn để đảm bảo tính chính xác cho các bản dịch, và các thuật ngữ được tiêu chuẩn hóa vào khoảng năm 835 bởi một ủy ban gồm những học giả Ấn Độ (Pandit) và các nhà thông thái Tây Tạng (Lotsaba). Các tiêu chuẩn học thuật được công bố rộng rãi qua việc phát hành quyển sách Mahāvyutpatti để hướng dẫn cho những người tham gia dịch thuật kinh điển. Vào triều đại của vua Khri-ral-pa-can (817-836), ảnh hưởng của Phật giáo phát triển đến đỉnh điểm cao nhất. 

Với sự ủng hộ của triều đình, Phật giáo đã đẩy lùi một cách nhanh chóng những ảnh hưởng của tôn giáo bản địa là đạo Bon để chiếm ưu thế và phát triển mạnh mẽ. Mặc dù vậy, nếu phân tích một cách khách quan thì tính chất ưa chuộng huyền thuật hay phép mầu, thần thông của người dân Tây Tạng có phần nào đó là do ảnh hưởng lâu đời của đạo Bon để lại. Ảnh hưởng này sẽ tiếp tục ngấm ngầm chi phối người Tây Tạng trong việc tiếp nhận các luồng tư tưởng Phật giáo khác nhau. 

Trong suốt giai đoạn phát triển đầu tiên của Phật giáo, Tây Tạng đã tiếp nhận ít nhất bốn luồng tư tưởng khác nhau trong những điều kiện hoàn toàn đặc thù của đất nước này.

Luồng tư tưởng thứ nhất đến từ phía tây, vùng thung lũng Swat. Đây là những tư tưởng Tan-tra của ngài Padmasambhava, thường được biết hơn với danh xưng là Đại sư Liên Hoa Sanh. Ngài được vua Tây Tạng cho người đến thỉnh từ xứ Udyāna (Ô-trượng-na) thuộc miền Bắc Ấn Độ. Ngài là một vị đạo sư tinh thông Mật tông, đã nhận lời thỉnh cầu của vua Tây Tạng và đến nước này cùng với 25 vị đệ tử, tương truyền là để đẩy lùi những cơn dịch bệnh quái ác vào lúc đó đang hoành hành tại Tây Tạng.

Tinh thần Mật tông do ngài Liên Hoa Sanh mang đến cùng với những Tan-tra, Đà-la-ni... rõ ràng là có sự gần gũi đáng kể với đạo Bon, và ngài đã thành công vượt bực ở Tây Tạng. Những câu chuyện kể về ngài được người dân Tây Tạng truyền tụng mãi đến nay luôn gắn liền với những phép thần thông diệu dụng mà ngài đã hiển lộ, nhưng trên tất cả là đức từ bi và tinh thần vị tha, vô ngã trong sự giáo hóa của ngài. Theo suy đoán thì có lẽ ngài đã truyền dạy một hệ thống giáo pháp thuộc Kim cang thừa, nhưng ngày nay chúng ta không thể biết chính xác là như thế nào. Ấn tượng mà ngài tạo ra đối với Tây Tạng phần lớn là nhờ vào việc thực hiện những phép mầu, và những huyền thoại để lại về ngài có thể là đã vượt quá những sự kiện lịch sử. Ngài là người sáng lập tông phái Nyingma (Ninh-mã), ngày nay vẫn còn tồn tại và được gọi là Cổ phái vì tính chất cổ xưa nhất của nó.

Luồng tư tưởng thứ hai đến từ phía nam, là sự tổng hợp các tư tưởng Đại thừa của thời đại Pāla do một số học giả hàng đầu của các đại học ở Ma-kiệt-đà truyền đến. Sự kết hợp hệ tư tưởng Bát-nhã với Tan-tra đã trở thành truyền thống trung tâm của Phật giáo Tây Tạng, và nhiều lần được đổi mới mãi cho đến nay. Dòng tư tưởng này xoay quanh bộ Hiện quán trang nghiêm luận,[1][10] một tác phẩm của Ấn Độ vào thế kỷ 4, sắp xếp nội dung bộ Bát-nhã Ba-la-mật-đa thành 25.000 cặp câu theo thể kệ, thành một bảng kê rõ ràng có đánh số để có thể ghi nhớ được, như là bước đầu tiên trong việc thiền quán về bộ kinh này, và đồng thời cũng diễn giải theo tinh thần của Trung quán tông với một sự dung hợp cùng truyền thống ôn hòa hơn của Duy thức tông.

Vốn đã được chú giải rất nhiều ở Ấn Độ từ trước đó, nên khi truyền đến Tây Tạng thì bộ Hiện quán trang nghiêm luận trở thành nền tảng căn bản nhất cho sự đào luyện những tư tưởng cao hơn không thuộc hệ thống Tan-tra, và rất nhiều chú giải cho bộ luận này đã được các học giả Tây Tạng biên soạn.

Luồng tư tưởng thứ ba đến từ phía tây nam là của phái Nhất thiết hữu bộ. Từ rất sớm, theo lời mời của nhà vua, bộ phái này đã từ Ấn Độ đến Tây Tạng và có xây dựng một tu viện. Nhưng sự có mặt của họ không bao lâu đã trở nên mờ nhạt vì dân chúng Tây Tạng không mấy người quan tâm đến những giáo lý thiếu vắng yếu tố phép mầu, thần thông. 

Mặc dù không thể duy trì sự hiện diện lâu dài trong một thế giới của những pháp thuật và sự mầu nhiệm, nhưng Nhất thiết hữu bộ cũng tạo được một ảnh hưởng đáng kể đối với tư tưởng của Tây Tạng, bởi vì kinh văn của bộ phái này gần như là phiên bản duy nhất của kinh điển Phật giáo thuộc thời kỳ trước kia đã được đưa vào trong số những kinh điển phiên dịch sang tiếng Tây Tạng.

Luồng tư tưởng thứ tư đến từ phía đông, do các thiền sư Trung Hoa truyền sang. Các vị này đã có rất nhiều nỗ lực để giáo hóa dân chúng ở đây theo giáo lý Thiền tông. Nhưng không bao lâu họ đã gặp phải sự bất đồng với những học giả chính thống của Ấn Độ theo khuynh hướng Pāla và bị thất bại hoàn toàn. Sau đó, họ bị buộc phải rời khỏi Tây Tạng hoặc một số ít đi vào hoạt động không công khai, vì thế không tạo được mấy ảnh hưởng đối với Phật giáo Tây Tạng.

Sự dung hợp và tiếp thu các luồng tư tưởng theo khuynh hướng đặc thù của người dân Tây Tạng đã nhanh chóng tạo thành một nền Phật giáo Tây Tạng mang đậm màu sắc của những huyền thuật và phép mầu. Vì thế, bất chấp những ảnh hưởng có thật của Phật giáo Đại thừa, từ khởi nguyên đến nay Phật giáo Tây Tạng vẫn luôn được xem như thuộc về Mật tông. 

Tuy nhiên, sự phát triển nhanh chóng của Phật giáo tại Tây Tạng không bao lâu đã gặp phải một giai đoạn bất lợi kể từ năm 836, khi vua Tây Tạng đời thứ 39 là Lang-dar-ma (836-842) lên ngôi. 

Vị vua này là một tín đồ thuần thành của đạo Bon, nên sau khi lên ngôi ông đã ra sức làm tất cả mọi việc để tiêu diệt Phật giáo. 

Thật là một sự trùng hợp tình cờ khi chỉ mấy năm sau đó, tại Trung Hoa cũng xảy ra tình trạng đàn áp, hủy diệt Phật giáo. Đó là vào năm 845, tức niên hiệu Hội Xương thứ 5, vua Đường Vũ Tông ban sắc lệnh hủy hoại các nơi thờ Phật, có đến hơn 1.600 ngôi chùa lớn đã bị phá hủy, bức bách các vị tăng ni phải hoàn tục, có đến hơn 260.000 vị... Vua còn sai thu gom và đốt hết kinh điển đạo Phật, đập phá tượng Phật, tịch thu ruộng đất nhà chùa, thu gom các chuông đồng, khí cụ trong nhà chùa về nấu chảy thành đồng dùng để đúc tiền và nông cụ... 

Lại cũng như một sự tương hợp tình cờ, sau pháp nạn Đường Vũ Tông phá Phật thì nhà Đường ngày càng lâm vào cảnh suy vi, u ám và loạn lạc, đến năm 907 thì bị Chu Toàn Trung diệt mất mà lập ra nhà Hậu Lương. Trong khi đó thì tại Tây Tạng tình trạng cũng không sáng sủa gì hơn, đất nước lâm vào cảnh phân chia manh múm giữa các thế lực đối nghịch, loạn lạc kéo dài đến cuối thế kỷ 10. Phật giáo Tây Tạng gần như bị đàn áp và tiêu diệt hoàn toàn trong giai đoạn này, và phải đợi đến sang đầu thế kỷ 11 mới được khôi phục.

Tình trạng đàn áp Phật giáo diễn ra được 6 năm thì vua Lang-dar-ma bị một vị Lạt-ma dùng cung tên bắn chết vào năm 842. Mặc dù vậy, cái chết của ông càng đẩy Tây Tạng đi sâu vào tình trạng rối rắm do các thế lực tranh giành quyền lực. Ngay trong dân chúng, những kẻ có sức mạnh cũng tập hợp nhau hùng cứ mỗi người một nơi, khiến cho toàn cõi Tây Tạng bị chia năm xẻ bảy, làm cho đời sống người dân trở nên cực kỳ khốn khó. Mặt khác, triều đình đương thời vẫn tiếp tục thẳng tay đàn áp Phật giáo bằng cách giết hại tăng sĩ hoặc buộc họ phải đi làm thợ săn, đồ tể; nghiêm cấm việc dịch kinh và thu gom đốt phá tất cả những bản kinh đã dịch... 

Nhưng sự đàn áp của triều đình Tây Tạng không bóp chết được niềm tin mãnh liệt đã được gieo cấy vào lòng người dân Tây Tạng. Vì thế, sau một thời gian dài khi có sự thay đổi về mặt chính trị và sự đàn áp không còn nữa thì ở những vùng xa xôi nhất về phía đông và phía tây, những người Phật tử bắt đầu nghĩ đến việc chấn hưng Phật giáo. Họ tìm cách tái lập mối quan hệ với An Độ và Kashmir là những nơi mà Phật giáo vẫn còn phát triển. Một số người Tây Tạng tự mình tìm đến các vùng này để mời thỉnh các vị tăng sĩ sang truyền pháp. 

Một trong số những người đã có công rất lớn trong việc chấn hưng Phật giáo Tây Tạng vào giai đoạn này là Rin-chen Bzangpo (958-1055). Ông không chỉ là một dịch giả tài ba mà còn là một người xây dựng rất nhiều đền chùa và tự viện ở miền tây Tây Tạng. Bản thân ông đã sang Ấn Độ theo học lần lượt với 70 vị danh tăng. Khi về nước, ông còn mời thỉnh được nhiều vị theo đến Tây Tạng để hỗ trợ cho công việc chấn hưng Phật giáo, như các vị Tức-la-đạt-sá-la-phạm-hạnh (Sraddhā­karavarman), Ba-địch-ma-sát-la-cấp-đa (Padmakara­gupta), Phật-đà-tức-lợi-tân-đa (Buddhāsīsānta), Phật-đà-ba-la (Buddhapata), Cưu-ma-la-cấp-đa (Kamala­gupta)... Các vị này đều là những tăng sĩ tài ba có học lực uyên bác. Họ mang theo đến Tây Tạng nhiều bộ luận và đặc biệt là rất nhiều kinh điển Mật tông. Trong giai đoạn này có bộ kinh Nhất Thiết Như Lai Kim Cang Tam Nghiệp Tối Thượng Bí Mật Đại Giáo Vương được dịch sang Tạng ngữ. Những yếu tố thiên về Mật tông trong giai đoạn này càng góp phần làm cho hầu hết các tông phái Phật giáo ở Tây Tạng được hình thành về sau đều mang đậm sắc thái của Mật tông.

Có một sự kiện mang tính quan trọng quyết định là việc ngài A-đề-sa (Atişa - 982-1054) rời khỏi chùa Vikramaśīla (chùa Siêu Giới) ở Bihār (miền Bắc Ấn Độ) để đến Tây Tạng. Sự giáo hóa của ngài đã thành lập nền Phật giáo Đại thừa theo kiểu Pāla ở miền trung Tây Tạng. 

Năm 1076, một cuộc kết tập kinh điển lớn diễn ra ở Tho-ling, miền tây Tây Tạng, nơi các vị Lạt-ma từ khắp nước Tây Tạng tụ họp về. Đây có thể xem là cột mốc quan trọng đánh dấu sự thiết lập của Phật giáo tại Tây Tạng.

Hoạt động của ngài A-đề-sa không chỉ giới hạn trong việc tái lập Phật giáo trên khắp nước, mà còn sáng tạo cả một hệ thống tính toán niên đại, cho đến nay vẫn còn được sử dụng ở Tây Tạng. Hệ thống này xác định mỗi năm theo vị trí của nó trong một chu kỳ 60 năm, được thiết lập từ sự kết hợp năm yếu tố là kim, mộc, thủy, hỏa, thổ, cùng với 12 biểu tượng bằng những con vật: Tuất, Hợi, Tý, Sửu, Dần, Mẹo, Thìn, Tỵ, Ngọ, Mùi, Thân và Dậu. Vì thế, trong phần truyện kể về các vị đại sư tái sinh, chúng ta sẽ bắt gặp những cách diễn đạt thời gian như năm Kim Tuất, năm Mộc Hợi... có phần khác lạ so với lịch pháp Trung Hoa mà ta vẫn quen dùng như Giáp Tý, Ất Sửu... 

Một trong những khó khăn của giáo lý Phật giáo là có quá nhiều giáo pháp và phương thức thực hành, nhiều đến nỗi rất cần phải có một sự hướng dẫn và phân loại. Ngài A-đề-sa đã giải quyết khó khăn này qua tác phẩm “Minh đăng thánh đạo” (Ngọn đèn chiếu sáng con đường đi đến giác ngộ, cũng thường được gọi là Bồ-đề đạo đăng luận), trong đó ông phân biệt những phương thức thực hành dựa theo ba trình độ phát triển tâm linh. Mức độ thấp nhất là những người muốn tìm cầu hạnh phúc trong thế gian này và chỉ nghĩ đến lợi ích của riêng mình. Mức độ thứ hai là những người cũng nghĩ đến lợi ích của riêng mình, nhưng khôn ngoan hơn nên chọn một cuộc sống đời đạo đức và tìm cầu sự trong sạch. Mức độ cao nhất là những người trong tâm đã giải thoát được tất cả. Nhưng tác phẩm này chỉ phát huy được tối đa hiệu quả của nó vào khoảng 300 năm sau với sự xuất hiện của ngài Tông-khách-ba. 

Sự hình thành của các tông phái Phật giáo Tây Tạng diễn ra trong khoảng 400 năm, do chính người Tây Tạng thành lập và có sự điều chỉnh thích hợp theo với những điều kiện tinh thần và xã hội của Tây Tạng. Vì thế, chúng ta không lấy làm ngạc nhiên khi thấy rằng hầu hết đều mang đậm màu sắc của Mật tông. Qua những gì được trình bày sơ lược ở trên, ta đã thấy là các yếu tố huyền thuật, phép mầu hay thần thông đã từng gắn bó lâu dài với người dân Tây Tạng như thế nào.

Các vị Tổ sư khi thành lập mỗi một tông phái đều thể hiện những nét siêu việt, xuất chúng của mình về một trong những yếu tố góp phần tạo nên đời sống tâm linh phong phú của Phật giáo Tây Tạng. Các tông phái có sự khác nhau về phương thức tổ chức tự viện, về y phục, về các vị thần bảo hộ, cách giải thích về Bản sơ Phật,[1][11] hoặc về phương pháp thiền định v.v... Tuy nhiên, họ luôn có sự tác động lẫn nhau, và cũng có cả nhiều sự vay mượn lẫn nhau. 

Trước khi nói đến các tông phái chính của Phật giáo Tây Tạng được thành lập vào giai đoạn sau này, chúng ta hãy tìm hiểu đôi nét về phái Nyingma (Ninh-mã), tông phái cổ xưa nhất của Phật giáo Tây Tạng, được thành lập từ thời của Đại sư Liên Hoa Sinh. 

Trải qua suốt một thời gian dài bị đàn áp dã man, sự tồn tại của phái Nyingma quả là điều hết sức kỳ diệu. Rất có thể là nhiều người trong tông phái này đã phải giả dạng như các giáo sĩ đạo Bon, hoặc lẫn trốn trong những vùng núi rừng hoang vắng. Mặt khác, khi nghiên cứu về giáo lý của tông phái này, chúng ta cũng không thể biết chắc được những phần nào là được phát triển trong giai đoạn sau này, và những phần nào là do chính ngài Liên Hoa Sanh truyền dạy từ trước đó. 

Tông phái này phân chia truyền thống giáo lý thành hai phần. Những lời dạy rõ nghĩa (hiển giáo) được truyền dạy bởi các vị tăng Ấn Độ, và những “mật tạng” là kinh điển bí mật được ngài Liên Hoa Sanh hoặc đức Phật Bản Sơ cất giữ, được gọi là các Terma. Từ năm 1150 đến 1550, một số lượng đáng kể những kinh điển thuộc loại bí mật này được khai quật, và sự khám phá ra những kinh điển này rất có thể được xem là lý do của những cải cách về tín ngưỡng. Chính bản tiểu sử của ngài Liên Hoa Sanh hiện nay cũng là được khám phá vào khoảng năm 1350. Tuy nhiên, rất nhiều kinh điển bí mật loại này quả thật lưu giữ trong đó những truyền thống rất cổ xưa, như được thấy rõ nhất là trong cuốn Tử thư[1][12] nổi tiếng.

(Xin xem tiếp phần cuối)